3: Genetic parameters

Supplementary table 1: Inbreeding. The table presents inbreeding estimates for 87 of the Nordic breeds. FG is the genomically estimated inbreeding coefficient, ∆FG is the genomically estimated inbreeding rate per generation, F and ∆F are the inbreeding coefficient and rate of inbreeding per generation estimated from pedigree information.

Breeds	Country	FG*	∆FG	F*	∆F	Paper
Danish Red cattle	DK	-	-	0.014	1.07%	Sørensen, Sørensen and Berg, 2005
Dansk landraceged	DK	0.160	-	-	-	Cardoso et al., 2018
Knabstrupperhesten	DK	-	-	0.030	-	Thirstup, Pertoldi and Loeschcke, 2008
Frederiksborgerhesten	DK	-	-	0.040	-	Thirstup, Pertoldi and Loeschcke, 2008
Den Jydske hest	DK	-	-	0.060	-	Thirstup, Pertoldi and Loeschcke, 2008
Hvidhovedet Marskfår	DK	-	-	-	>2.00%	Sørensen and Norberg, 2008
Dansk Landfår (incl. Ertebøllefår)	DK	-	-	-	>2.00%	Sørensen and Norberg, 2008
Danske Landhøns	DK	-	-	-	0.10 %	Spalona et al., 2007
Broholmer	DK	0.420	-	-	-	Meadows et al., 2023
Greenland dog	DK	0.330	-	-	-	Meadows et al., 2023
Føroysk Ross	FO	-	-	0.268	-	Kettunen et al., 2022
Porokoira (Lapinporokoira)	FI	-	-	0.038	-	The Finnish Kennel Club (n.d.)
Karjalankarhukoira	FI	-	-	0.045	-	Suomen Pystykorvajärjestö Finska Spetsklubben Ry, 2010
Suomenajokoira	FI	0.280	-	0.027	-	Meadows et al., 2023
Suomenlapinkoira	FI	-	-	0.030	-	The Finnish Kennel Club (n.d.)
Suomenpystykorva	FI	0.330	-	0.072	-	Meadows et al., 2023; Karjalainen and Ojala. 1997
Suomenvuohi	FI	0.090	-	-	-	Cardoso et al., 2018
Suomenhevonen	FI	-	-	0.048	-	Tehnunen and Salonpääm, 2016
Suomenlammas	FI	-	-	0.006-0.030	0.15%	Kantanen, 2010
Íslenskir nautgripir	IS	0.100	-	-	-	Gautason et al., 2011
Íslenskar geitur	IS	0.660	-	-	-	Cardoso et al., 2018
Íslenski Hesturinn	IS	0,030	-	-	-	Hreidarsdottir et al., 2014
Íslenski hundurinn	IS	0.210	-	-	-	Ólafsdóttir et al., 2008
Íslenskt forystufé	IS	-	-	0.027	-	Jónmundsson et al., 2015
Dølafe	NO	-	-	-	0.83%	Holene, A., et al., 2021
Sidet trønderfe og nordlandsfe	NO	-	-	-	0.41%	Holene, A., et al., 2021
Telemarkfe	NO	-	-	-	1.41%	Holene, A., et al., 2021
Vestlandsk fjordfe	NO	-	-	-	0.83%	Holene, A., et al., 2021
Vestlandsk raudkolle	NO	-	-	-	0.90%	Holene, A., et al., 2021
Østlandsk rødkolle	NO	-	-	-	1.12%	Holene, A., et al., 2021
Norske Jærhøns	NO	0.700	-	-	-	Brekke, C., 2020
Dunker	NO	-	-	0.070	-	Svihus and Wetten 2023 a
Haldenstøver	NO	-	-		-
Hygenhund	NO	-	-	0.019	-	Hygenringen
Lundehund	NO	0.82	-	0.360-0.380	1.00%	Meadows et al., 2023; Kettunen et al., 2017
Norsk buhund	NO	0.32	-		-	Meadows et al., 2023
Norsk elghund sort	NO	-	-	0.160	0.52%	Svihus and Wetten, 2023 b
Norsk elghund grå	NO	0.25	-	0.036	0.30%	Meadows et al., 2023; Elghundforbundet
Norsk melkegeit	NO	0.074	-	-		Berg et al., 2020
Kystgeit	NO	0.115, 0.347	-	-		Berg et al., 2020
Dølahest	NO	-	-	0.134		Norsk hestesenter, 2023
Fjordhest	NO	-	-	0.823		Norsk hestesenter, 2023
Nordlandshest/lynghest	NO	-	-	0.129		Norsk hestesenter, 2023
Norsk kaldblodstraver	NO	-	-	0.086		Norsk hestesenter, 2023
Kvit spælsau	NO	-	-	.	0.42%	Blichfeldt and Jakobsen, 2017
Norsk kvit sau	NO	0.001	-	.	0.49%	Olivera et al., 2020; Blichfeldt and Jakobsen, 2017
Norsk pelssau	NO	-	-	.	0.20%	Blichfeldt and Jakobsen, 2017
Sjeviot	NO	-	-	.	0.40%	Blichfeldt and Jakobsen, 2017
Bohuslän-Dals svarthöna	SE	-0.090	-	-	-	Johansson and Nelson, 2015
Gotlandshöna	SE	0.171	-	-	-	Abebe, 2013
Hedemorahöna	SE	0.170	-	-	-	Johansson and Nelson, 2015
Kindahöna	SE	0.280	-	-	-	Abebe, 2013
Gammalsvensk dvärghöna	SE	-0.028	-	-	-	Abebe, 2013
Orusthöna	SE	0.103	-	-	-	Abebe, 2013
Skånsk blommehöna	SE	0.216	-	-	-	Abebe, 2013
Åsbohöna	SE	0.132	-	-	-	Abebe, 2013
Ölandshöna	SE	0.181	-	-	-	Abebe, 2013
Öländsk dvärghöna	SE	0.157	-	-	-	Abebe, 2013
Dansk/Svensk gårdshund	SE	0.210	-	0.041	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Drever	SE	0.350	-	0.073	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Gotlandsstövare	SE	0.280	-	0.103	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Hamiltonstövare	SE	0.240	-	0.060	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Hälleforshund	SE	0.330	-	0.085	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Jämthund	SE	0.250	-	0.078	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Norrbottenspets	SE	0.170	-	0.049	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Schillerstövare	SE	-	-	0.068	-	Jansson and Laikre 2025
Smålandsstövare	SE	-	-	0.063	-	Jansson and Laikre 2026
Svensk lapphund	SE	0.270	-	0.081	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Svensk vit älghund	SE	0.320	-	0.018	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Västgötaspets	SE	0.360	-	0.089	-	Meadows et al., 2023; Jansson and Laikre 2018
Svensk lantrasget	SE	Varies between herds	-	-	-	Hegedűs, 2022
Gotlandsruss	SE	0.110	0.75%		-	Andersson, 2010
Svensk Ardenner	SE		-	0.012	-	Siekas, 2006
Svensk kallblodig travare	SE	8 .69%	-	-	-	Velie et al., 2019
Linderödssvin	SE		-	0.150	-	Hansson, 2008
Dala pälsfår	SE	0.300^#	-	-	-	Rochus et al., 2020
Fjällnäs	SE	0.360^#	-	-	-	Rochus et al., 2020
Gotlandsfår	SE	0,030^#	-	-	-	Rochus et al., 2020
Gestrikefår	SE	0.17	-	-	-	Sinhalage, 2023
Gutefår	SE	0.250^#	-	-	-	Rochus et al., 2020
Helsingefår	SE	0.2	-	-	-	Sinhalage, 2023
Klövsjöfår	SE	0.260^#	-	-	-	Rochus et al., 2020
Roslagsfår	SE	0.250	-	-	-	Sinhalage, 2023
Ryafår	SE	0.200	-	-	-	Sinhalage, 2023
Svenskt finullsfår	SE	0.180	-	-	-	Sinhalage, 2023
Svärdsjöfår	SE	0.230	-	-	-	Sinhalage, 2024
Värmlandsfår	SE	0.220	-	-	-	Sinhalage, 2025
Åsenfår	SE	0.210	-	-	-	Sinhalage, 2026
Tabacktorpsfår	SE	0.170	-	-	-	Sinhalage, 2027

* There are several ways of computing the F value both using pedigree and genomics – these measurements can therefore not be compared sensibly. For more information concerning the methods used for calculating the F values the reader is encouraged to look at the references.
# The references paper used three methods for calculating the inbreeding coefficient, the numbers presented in this table is the Fhat2 estimate

Supplementary table 2: Effective population size.
The provides and overview of the available information regarding effective population size for the different Nordic breeds.

Breed	Species	Country	Available information	Available from
The Nordic Brown Bee	Bee	TRA	NA	-
Danish red	Cattle	DK, TRA	Available	Sørensen, Sørensen and Berg, 2005
Fennoscandinavian reindeer	Reindeer	TRA	NA	-
Jysk kvæg	Cattle	DK	NA
Rød dansk malkerace anno 1970	Cattle	DK	NA	-
Sortbroget dansk malkekvæg anno 1965	Cattle	DK	NA	-
Dansk malkekorthorn	Cattle	DK	NA	-
Agersø-kvæg	Cattle	DK	NA	-
Broholmeren	Dog	DK	NA	-
Dansk/svensk gårdhund	Dog	DK	NA	-
Gammel dansk hønsehund	Dog	DK	NA	-
Dansk spids	Dog	DK	NA	-
Den danske landand	Duck	DK	NA	-
Dansk landraceged	Goat	DK	NA	-
Den danske landgås	Goose	DK	NA	-
Den jydske hest	Horse	DK	Available	Thirstup, Pertoldi and Loeschcke, 2008
Knapstrupperhesten	Horse	DK	Available	Thirstup, Pertoldi and Loeschcke, 2009
Frederiksborghesten	Horse	DK	Available	Thirstup, Pertoldi and Loeschcke, 2010
Sortbroget landracesvin	Pig	DK	NA	-
(Dl-1970)	Pig	DK	NA	-
Svaberduen	Pigeon	DK	NA	-
Parykduen	Pigeon	DK	NA	-
Tumlingeduen	Pigeon	DK	NA	-
Hvid dansk landkanin	Rabbit	DK	NA	-
Dansk landfår, herunder ertebøllefår	Sheep	DK	NA	-
Hvidhovedet marskfår	Sheep	DK	Available	Sørensen and Norberg, 2007
Finnish landrace	Cat	FI	NA	-
Itäsuomenkarja, isk (östfinsk boskap)	Cattle	FI	NA	-
Länsuomenkarja, lsk (västfisk boskap)	Cattle	FI	NA	-
Pohjoissuomenkarja, psk (nordfinsk boskap)	Cattle	FI	NA	-
Maatiaiskana (lantrashöna)	Chicken	FI	NA	-
(Lapinporokoira) porokoira (lapsk renhund)	Dog	FI	Available	Finnish Kennel Club
Karjalankarhukoira (karelsk björnhund)	Dog	FI	Available	Suomen pystykorvajärjestö finska spetsklubben ry
Pohjanpystykorva (norrbottenspets)	Dog	FI	NA	-
Suomenajokoira (finsk stövare)	Dog	FI	NA	-
Suomenlapinkoira (finsk lapphund)	Dog	FI	Available	Finnish Kennel Club
Suomenpystykorva (finsk spets)	Dog	FI	Available	Kumpulainen et al., 2017
Suomenvuohi (finngeit)	Goat	FI	NA	-
Suomenhevonen (finnhäst)	Horse	FI	Available	Tenhunen and Salonpää, 2016
Ahvenanmaanlammas (ålandsfår)	Sheep	FI	NA	-
Kainuunharmas (kajanalandsfår)	Sheep	FI	NA	-
Suomenlammas	Sheep	FI	Available
Íslenskir nautgripir	Cattle	IS	Available	Gautason et al., 2021
Íslensk hænsn	Chicken	IS	Available	Breed association for Icelandic landrace chicken
Íslenski hundurinn	Dog	IS	NA	-
Íslenskar geitur	Goat	IS	Available	Baldursdottir, Kristjansson and Hallsson, 2012
Íslenski hesturinn	Horse	IS	Available	Hreidarsdottir et al., 2014
Íslenskt sauðfé	Sheep	IS	NA	-
Íslenskt forystufé	Sheep	IS	NA	-
Føroysk dunna	Duck	FO	NA	-
Føroysk gás	Goose	FO	NA	-
Føroysk ross	Horse	FO	Available	Kettunen, Joensen and Berg, 2022
Føroyskur seyður	Sheep	FO	NA	-
Norsk skogskatt	Cat	NO	NA	-
Dølafe	Cattle	NO	Available	Holene, Berg and Sæther, 2021
Sidet trønderfe og nordlandsfe (stn)	Cattle	NO	Available	Holene, Berg and Sæther, 2021
Telemarkfe	Cattle	NO	Available	Holene, Berg and Sæther, 2021
Vestlandsk fjordfe	Cattle	NO	Available	Holene, Berg and Sæther, 2021
Vestlandsk raudkolle	Cattle	NO	Available	Holene, Berg and Sæther, 2021
Østlandsk rødkolle	Cattle	NO	Available	Holene, Berg and Sæther, 2021
Norske jærhøns	Chicken	NO	Available	Brekke et al., 2020
Dunker	Dog	NO	NA	-
Haldenstøver	Dog	NO	NA	-
Hygenhund	Dog	NO	NA	-
Lundehund	Dog	NO	Available	Pfahler and Disti, 2015
Norsk buhund	Dog	NO	NA	-
Norsk elghund sort	Dog	NO	Available	Svihus and Wetten, 2023
Norsk elghund grå	Dog	NO	Available	Norske elghundklubbers forbund, 2021
Norsk melkegeit	Goat	NO	Available	Berg et al., 2020
Kystgeit	Goat	NO	Available	Berg et al., 2021
Norsk hvit gås	Goose	NO	NA	-
Smålensgås	Goose	NO	NA	-
Dølahest	Horse	NO	Available	Olsen, 2010
Fjordhest	Horse	NO	Available	Olsen et al., 2020
Nordlandshest/lynghest	Horse	NO	Available	Olsen, 2010
Norsk kaldblodstraver	Horse	NO	Available	Olsen, 2010
Norsk landrace	Pig	NO	NA	-
Trønderkanin	Rabbit	NO	NA	-
Gammelnorsk spælsau	Sheep	NO	NA	-
Blæset sau	Sheep	NO	NA	-
Grå trøndersau	Sheep	NO	NA	-
Rygjasau	Sheep	NO	NA	-
Dalasau	Sheep	NO	NA	-
Fuglestadbrogete sau	Sheep	NO	NA	-
Gammelnorsk sau	Sheep	NO	NA	-
Kvit spælsau	Sheep	NO	Available	NSG
Norsk kvit sau	Sheep	NO	Available	NSG
Norsk pelssau	Sheep	NO	NA	-
Sjeviot	Sheep	NO	Available	NSG
Steigarsau	Sheep	NO	NA	-
Hus/bondkatt	Cat	SE	NA	-
Bohuskulla	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Fjällnära boskap	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Ringamålako	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Väneko	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Rödkulla	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Svensk kullig boskap (skb)	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Svensk låglandsboskap (slb)	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Svensk röd och vit boskap (srb)	Cattle	SE	NA	-
Svensk Fjällras	Cattle	SE	Available	Adepoju, 2022
Gammalsvensk dvärghöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Bohuslän-dals svarthöna	Chicken	SE	Available	Johansson and Nelson, 2015
Gotlandshöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Svensk dvärghöna	Chicken	SE	NA	Hilding, 2023
Orusthöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Ölandshöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Öländsk dvärghöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Bjurholmshöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Kindahöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Skånsk blommehöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Hedemorahöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Åsbohöna	Chicken	SE	Available	Hilding, 2023
Norrbottenspets	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Schillerstövare	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Smålandsstövare	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Svensk lapphund	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Västgötaspets	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Gotlandsstövare	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Dansk/svensk gårdshund	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Drever	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Hamiltonstövare	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Jämthund	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Hälleforshund	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Svensk vit älghund	Dog	SE	Available	Jansson and Laikre, 2018
Svensk blå anka	Duck	SE	NA	-
Svensk gul anka	Duck	SE	NA	-
Svensk myskanka	Duck	SE	NA	-
Blekingeanka	Duck	SE	NA	-
Göingeget	Goat	SE	NA	-
Jämtget	Goat	SE	NA	-
Svensk lantrasget	Goat	SE	NA	-
Lappget	Goat	SE	NA	-
Ölandsgås	Goose	SE	NA	-
Skånegås	Goose	SE	NA	-
Gotlandsruss	Horse	SE	Available
Nordsvensk brukshäst	Horse	SE	Available
Svensk ardenner	Horse	SE	Available
Svensk kallblodig travare	Horse	SE	NA
Linderödssvin	Pig	SE	Available
Svensk pälskanin	Rabbit	SE	NA	-
Gotlandskanin	Rabbit	SE	NA
Mellerudskanin	Rabbit	SE	NA
Dala pälsfår	Sheep	SE	Available	Rochus, Jonas and Johansson, 2020
Tabacktorpsfår	Sheep	SE	NA	Sinhalage, 2023
Dala pälsfår	Sheep	SE	Available	Rochus, Jonas and Johansson, 2020
Gestrikefår	Sheep	SE	NA	-
Helsingefår	Sheep	SE	NA	-
Klövsjöfår	Sheep	SE	Available	Rochus, Jonas and Johansson, 2020
Roslagsfår	Sheep	SE	NA	-
Ryafår	Sheep	SE	NA	-
Svensk finullsfår	Sheep	SE	NA	-
Åsenfår	Sheep	SE	NA	-
Svärdsjöfår	Sheep	SE	NA	-
Gotlandsfår	Sheep	SE	Available	Rochus, Jonas and Johansson, 2020
Gutefår	Sheep	SE	Available	Rochus, Jonas and Johansson, 2020
Värmlandsfår	Sheep	SE	NA	-